Omikron w Polsce. Co musisz wiedzieć o nowym wariancie SARS-CoV-2?

Ministerstwo Zdrowia podało również, że w wywiadzie epidemicznym 30-latka informowała, że w Polsce mieszkała sama i miała bezpośredni kontakt tylko z dwiema osobami ze swojego kraju, które były zaszczepione przeciw COVID-19. 

Zakażona kobieta w trakcie pobytu na szczycie cały czas stosowała środki ochrony indywidualnej. W hotelu posiłki zamawiała telefonicznie i spożywała je w pokoju. Jako osoba bezobjawowa wykonała test przed wylotem z Polski. Jego wynik okazał się pozytywny. Potwierdzono, że to wariant Omikron. 

Pierwsze sygnały o omikronie pojawiły się w listopadzie. Kristian Andersen, badacz chorób zakaźnych ze Scripps Research w San Diego, 24 listopada dostał na Slacku wiadomość o treści: “Ten wariant jest szalony”. Pochodziła ona od Andrewa Rambauta z University of Edinburgh, który znalazł nową sekwencję genomu SARS-CoV-2 w trzech próbkach pobranych w Botswanie 11 listopada i jednej pozyskanej z podróżującego z RPA do Hongkongu z 18 listopada. Andersen spojrzał na wyniki analizy genetycznej i oniemiał – lista mutacji wirusa była oszałamiająca.

Naukowcy wymieniali wiadomości o nowym wariancie SARS-CoV-2, oznaczonym jako B.1.1.529 – lub (zgodnie z nazewnictwem zaczerpniętym od liter alfabetu greckiego) Omikron. Tym, co jako pierwsze rzuciło się w oczy w przypadku Omikronu, jest spora odległość od każdego innego znanego wirusa na drzewie ewolucyjnym SARS-CoV-2. W wariancie tym wydają się być dziesiątki mutacji, wiele z nich określanych jako “ważne” w kontekście unikania szczepionek lub łatwości przenoszenia się.

W kontekście Omikronu mamy więcej pytań niż odpowiedzi. 

• Czy jest bardziej zakaźny? 
• Czy cechuje go wyższa śmiertelność? 
• Czy łatwiej atakuje ludzi, którzy przeszli COVID-19? 
• Jak dobrze unika istniejących szczepionek? 
• I przede wszystkim – skąd się wziął? 

Poznanie odpowiedzi wymaga czasu, choć w tym konkretnym przypadku nie mamy go zbyt wiele. 

Naukowcy już od jakiegoś czasu są na tropie nowego wariantu. Kilka niezależnych zespołów próbowało dowiedzieć się, dlaczego w Gauteng, północnej prowincji RPA, obejmującej Johannesburg i Pretorię, w ostatnim czasie obserwuje się więcej przypadków zachorowań na COVID-19. Rutynowe testy tam przeprowadzane nie wykrywały w wielu próbkach kluczowego celu – genu S. Wcześniej obserwowano to w przypadku innego groźnego wariantu SARS-CoV-2, czyli Alfy. Dalsze badania próbek z RPA ujawniły szokującą prawdę – genom wirusa był tak mocno zmieniony (zmutowany), że testy przeoczyły gen S.

Czytaj również: Czy omikron zaszkodzi złotemu?

Wyniki testów doprowadziły do zwołania pilnego spotkania Network for Genomics Surveillance in South Africa (NGS-SA). Naukowcy byli zszokowani liczbą mutacji koronawirusa. Zespół zsekwencjonował kolejne 100 losowych sekwencji z Gauteng w ciągu kolejnych 24 godzin i wszystkie wykazały ten sam wzór. Jasne stało się, że mamy do czynienia z nowym wariantem SARS-CoV-2. W piątek, 26 listopada WHO uznała go za wariant budzący obawę (ang. Variant of Concern – VOC) i nazwała go Omikron. 

Warto wspomnieć, że warianty SARS-CoV-2 mają swoje nazwy od kolejnych liter z alfabetu greckiego – pominięto jednak Nu i Xi, gdyż Nu może być mylony ze słowem “nowy”, a Xi to popularne nazwisko w Chinach. Omikron to 15. litera alfabetu greckiego.

Jednym z głównych powodów do niepokoju w związku z wariantem Omikron jest to, że wyjątkowo szybko zastąpił on inne odmiany SARS-CoV-2 w Afryce Południowej. Obraz ten może być jednak zniekształcony, gdyż w sekwencjonowaniu skupiono się na możliwych przypadkach nowego wariantu w ostatnich dniach, co sprawia, że będzie on wydawał się częstszy od innych. Nie jest jednak pewne, jak naprawdę było. Na podstawie porównania różnych genomów, naukowcy szacują, że Omikron pojawił się ok. końca września lub początku października, co sugeruje, że może rozprzestrzeniać się wolniej niż się wydaje.

Zobacz także: Wirusolog o Omikronie: To zmutowany superwariant, jest 500 razy bardziej zakaźny 

Innym problemem Omikronu jest jego zagmatwany genom. Białko szczytowe (białko S) koronawirusa, którym łączy się z ludzkimi receptorami, ma aż 30 innych aminokwasów od oryginalnego wirusa z Wuhan. Niektóre aminokwasy zniknęły z trzech miejsc, a nowe pojawiły się gdzie indziej. Wiele zmian w białku S dotyczy domeny wiążącej receptor (RBD), czyli tej jego części, która ma kontakt z ludzką komórką. W praktyce oznacza to, że Omikron może lepiej atakować nasz organizm.

Na podstawie zaobserwowanych mutacji nie można wyciągnąć wniosku, jak bardzo zakaźny jest Omikron. Naukowcy znaleźli w tym wariancie wszystkie znane mutacje zwiększające tempo rozprzestrzeniania się wcześniejszych odmian koronawirusa. 

Genom Omikronu sugeruje także, że wirus może radzić sobie z unikaniem ludzkich przeciwciał, które w normalnych warunkach eliminowały inne warianty SARS-CoV-2. Mutacja E484K budzi niepokój naukowców, gdyż zmienia kształt miejsca, które rozpoznają ludzkie przeciwciała, czyniąc je bezużytecznymi. Omikron jest obdarzony taką mutacją, przez co naturalna odpowiedź organizmu może być znacznie słabsza niż w przypadku innych wariantów.

Ozdrowieńcy i osoby zaszczepione przeciwko COVID-19 prawdopodobnie nie stracą całkowicie zdolności do neutralizacji wirusa. Ale ta niewątpliwie będzie słabsza, więc o kolejne przypadki zachorowań ma być łatwiej. Tego jednak nie da się ocenić bez badań laboratoryjnych, które już się rozpoczęły. Wyprodukowanie wystarczających ilości wirusa, która pozwoli na przeprowadzenie testów na surowicach osób zaszczepionych lub wyleczonych zajmie maksymalnie 2 tygodnie. Do tego czasu musimy czekać.

Niezwykłym aspektem pojawienia się Omikronu jest jego dziwnie odizolowana linia genomowa. Sama dominacja wariantu Delta w ciągu ostatnich sześciu miesięcy skłoniła naukowców do prognoz, że wszelkie przyszłe warianty będą “prawie na pewno” wywodzić się od Delty. Trevor Bedford – badacz zajmujący się ewolucją wirusów – twierdzi, że Omikron nie powstał z niedawnego wariantu. W rzeczywistości wydaje się, że najbliższym ewolucyjnym powiązaniem Omikronu jest szczep SARS-CoV-2 z połowy 2020 roku.

“Ta niezwykle długa gałąź (>1 rok) wskazuje na przedłużony okres krążenia w geografii o słabym nadzorze genomicznym (z pewnością nie RPA) lub ciągłą ewolucję u chronicznie zakażonego osobnika przed rozlaniem się z powrotem do populacji” – napisał Bedford w wątku na Twitterze analizującym profil Omikrona.

Tym, co odróżnia pojawienie się wariantu Omikron od poprzednich to szybka detekcja. Pierwszy przypadek zachorowania na wariant Delta miał miejsce w październiku 2020 r., ale jako wariant budzący obawę (VOC) został uznany dopiero w maju 2021 r., po tym, gdy odnotowano wiele … czytaj dalej